蝙蝠是出了名的多种人类病原菌及病毒携带者，蝙蝠在进化过程中似乎被设计成大自然微生物的完美载体，相当于自然界病毒的一个蓄水池。蝙蝠携带至少60多种影响人类的病毒，如狂犬病毒、拉沙病毒、埃博拉病毒、SARS、亨德拉病毒和马尔堡病毒、中东呼吸综合征（MERS）以及尼帕病毒等等，这些病毒都会对人类和其他动物的健康构成严重威胁，但是这些病毒对蝙蝠本身没有影响。
蝙蝠的寿命相对较长，尽管蝙蝠体型相对矮小，但它们可以活10年以上甚至达20年。蝙蝠是唯一的飞行哺乳动物类，飞行的能力使其有机会与许多不同的动物接触，这增加了它们接触到的病原体的机会。此外，蝙蝠也喜欢在栖息时互相依偎，这让病原体在彼此之间轻易传播。
尽管有许多危险的病原体在体内繁衍生息，蝙蝠却长期不会生病被病原体杀死，这主要是因为蝙蝠已经进化出了复杂的防御机制对病毒产生抵抗力，目前科学家的解释主要集中在以下两个方面。
首先蝙蝠的飞行能力导致了防御机制的形成。飞行需要大量的能量，也产生大量的能量浪费，为了防止多余的热量破坏DNA，蝙蝠进化出了对自身携带的许多病原体的免疫力。因为病毒完全依赖宿主来复制和生存，这需要特定的条件才能完成。然而当蝙蝠飞行时，体温可以达到40摄氏，这种高温可以杀死很多病毒，这使减少了蝙蝠体内的病毒丰度。
其次，与包括人类在内的许多其他动物相比，蝙蝠对感染的炎症反应较低。在人类和其他动物中，感染引起高度炎症，炎症可以对抗感染，炎症的增加会导致内脏器官的损伤，加速衰老和与年龄有关疾病的发生。但是2019年发表在Nature Microbiology上的一项研究显示，即使在蝙蝠体内的病毒水平很高，其炎症反应蛋白NLRP蛋白仍然相当不活跃。结果导致蝙蝠的炎症和内部损伤都减少了，对病原体有更高的耐受性。
越来越多的蝙蝠新型病毒正在流行，这主要是人类对蝙蝠原始栖息地的入侵的后果。由于经常接触人类宿主，病毒突变跨越了物种屏障，从蝙蝠传播到人类身上，然而考虑根除蝙蝠是不可行的，也是愚蠢的，蝙蝠是农业生态系统重要的害虫捕食者和授粉者。
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