中外合作办学与中外合作专业是有区别的。
合作专业的毕业证与普通录取的没有区别，比如合肥工业大学国际经济与贸易（中外合作专业），是与美国克拉克大学合作，3+1，第四年可以选择去美国，要求语言必须达到要求。如果去了美国是双证，没去，就只有合工大的毕业证。证书一样。还有人民大学苏州分校的中法合作专业，学费每年6万，分数也很高。我同事的孩子2015年，考了600多分呢。所以用人单位不会歧视。
合作办学也有很多差别，比如当年我想给儿子报的是西南交通大学与英国利兹大学合作的利兹学院，学校除了Z治课之外，全部全英文教学，老师也是利兹大学的老师，课程也与英国利兹大学完全一致，大学第三年或者第四年可以选择去英国本校读，也可以不去。毕业证是双证。当年在山西大学第一年招生，儿子一本多的24分，招办的人觉得能录取，结果差10分，后来看别的省的招生，高出一本50－70分才能录取，学费每年6万，就这还上不了呢。毕业证都是双证，学生的课程与国际接轨，英语水平极高。你觉得这样的毕业生会遭到歧视吗？一般单位还招不到呢。大部分学生出国留学名校较多，考研也是985比较多。
第三种就是国内也不太好的二本院校，与国外不知名大学合作的二级学院。水分相比较大些，可能会有影响。
中外合作也分很多种，所以要具体看。
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